当然，三司之间的分工也必定会导致相互牵制，引发各司间的权力争夺。
比如布政使司和按察使司常常因为司法和行政事务产生矛盾，都司则时常干涉其他两司的事务。
在原来的历史上，明朝中后期三司之间的矛盾日益明显，导致了行政效率低下、互相推诿的弊端，遇有军政大事则协调困难。
因此，历史上从明中期开始，朝廷逐渐增设?巡抚、?总督等临时职位来协调三司权力。
而且，巡抚、总督由朝廷六部九卿体系内的中央官兼任，在地方上没有根基，一般不会与地方同流合污，任期都比较短。
待圣洲完成大一统之后，朱高燧同样也会设置巡抚或总督去协调地方三司。
可能有人会问，这样安排的话，巡抚、总督权力太大，他们会不会造反？
答案是造反的可能性几乎为零！
这背后的原因是一套环环相扣的制度设计，概括起来就一句话，即巡抚、总督被牢牢地“关”在了中央集权的笼子里?！
首先，他们的权力从制度上就存在极大的局限性。
一是事权不统一?，即他们虽然是实际上的地方最高长官，但在制度上他们属于外派的京官，重大决策权最终在皇帝和朝廷手里，日常政务也得依靠布政使、按察使等三司来办，他们本人不能随意插手。
二是他们无法提拔亲信，即没有人事权！
因为三司官员的任免、考核权在中央朝廷手中，巡抚、总督只能“奏罢”不称职的官员，无权直接任免。
三是没有军权?。
这也是最关键的一点！
各省驻军大多是战斗力不强的地方卫所，精锐都通过朝廷选拔制度抽调集中到了京畿。
真要有巡抚或总督造反，朝廷能立刻调精锐镇压。
其次，他们本身并非铁板一块。
巡按御史作为皇帝、朝廷派驻的监察官，专门负责监督巡抚、总督，发现不法可以直接向朝廷、皇帝参奏。
而且，一般情况下，总督本身就在巡抚头上管着好几省的军务，互相牵制。
巡抚要是有异动，总督和巡按御史都会第一时间向朝廷报告。
最后，即他们的造反成本太高，风险太大！
在三司体制之下，地方行政、司法、军事系统相互独立又制衡，巡抚、总督很难在短时间内建立起属于他们本人的独立势力。
此外，大明的军事部署就是“强干弱枝”，地方军队根本没法和京畿精锐比。
历史上但凡地方有异动，朝廷都能快速调兵镇压。
所以，这套制度从权力、监察到军事，都给地方大员套上了多重枷锁，造反自然就难如登天了。
“中江平原五省，加上早已稳定的盐湖、赤衫、云中、九河、七峰、万湖六省，圣明将有‘一京十一省之地’。”